尿麻后，按手术要求，患者取膀胱截石位。术者取出消毒膀胱镜，助手或巡回护士将光源线一端（已消毒）递与术者接上，并用生理盐水冲洗膀胱镜。冲洗尽残留于膀胱镜的福尔马林液，用无菌液体石腊擦于镜端并向镜身外擦，以减少插镜时对尿道壁的磨擦损伤。由于男性尿道较长和生理性弯曲，膀胱镜插入前尿道口应缓慢进镜，待进镜到耻骨连合处，将膀胱镜向下倾斜，即将尿道（阴茎）拉平，轻轻用力即可进入膀胱内。进镜中应仔细感知有否后道口嵌顿的结石。进入膀胱后放入冲洗用盐水，先冲洗膀胱内尿液，尤其是合并感染的在冲洗尽污染的膀胱尿液后观察视野比较清晰，对手术操作极为有得。
冲洗膀胱腔后，寻找结、辨明其形状，经活检孔导入Nd：YAG激光。光刀外露于镜端2cm，手术必须在能看清激光头，并对准病灶时才能碎石。寻找到结石后，放入膀胱冲洗用生理盐水约50～100ml，将激光刀直接对准并与之相触及（或光刀贴近结石即可，不可在光纤上使力，以免错位。向结石输出激光（常用功率60～80W），此时，膀胱镜直视下可见结石呈石灰浸水样崩解。手术中由于粉碎结石使膀胱内冲洗液变混浊，影响观察时应及时放出后再向膀胱内注入清洁的生理盐水，以保能准确镜下手术。手术中置换膀胱内液，还可降低激光对结石粉碎产生的温度，并经膀胱壁散热。因而随时置换冲洗液对手术操作，降低腔内热度，同时减轻膀胱的损伤很有意义。粉碎结石应从结石的上缘开始逐渐向下依次进行，切莫在镜下手术时向结石周边东西各一点进行。结石体基本粉碎后，残余部分很小，此时高速激光输出功率到20～40W将其彻底粉碎。向膀胱内灌注生理盐水300～500mL.冲洗干净混浊液体后，仔细再寻找有否残留0.5cm以上结石，一般情况下必须将其彻底粉碎。0.2cm结石可经膀胱灌注生理盐水500mL，直接冲洗出体外。为了解结石溶积大小，首次排出置换的膀胱内液用一容器收集，并使其沉积，泌出上清液做对照。最后退出膀胱镜前，再仔细观察膀胱壁有无因结石长期刺激而引起的炎性息肉。若发现息肉时应于膀胱镜下进行激光切除。镜下观察膀胱三角不可遗漏，主要原因是膀胱三角是肿瘤的高发病区。
手术完毕用300mL1%利凡诺液灌洗膀胱，还可用呋喃西林液等灌洗，退出膀胱镜。
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