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（1）在细胞学方面的应用：对于细胞抗原性物质能准确、敏感地进行检测和定位。

（2）在微生物学方面的应用：在细胞学中主要用于菌种鉴定和抗原结构的研究。

（3）在寄生虫学中的应用：检测人体大多数寄生虫，且具有特异性高和敏感性好等优点。

（4）在临床病理学的应用：确定肿瘤的组织学发生，进行肿瘤的转移性和特异性的鉴别，辅助识别肿瘤的良性、恶性，癌前病变和癌。

（5）自身免疫性疾病中的应用：应用免疫荧光抗体间接法可以检出自身免疫疾病患者血中的自身抗体。