布氏嗜碘阿米巴以包囊期具有特殊的糖源泡而得属名。虫体稍大于微小内蜒阿米巴,滋养体6~25μm(平均在12μm上下),伪足宽大,不吞噬红细胞,可见1~2个糖原泡。经铁素木素染色后核明显,其特征为中央有粗大的核仁,外围为一层染色较浅的微粒所包绕。核染色质粒纤细,常在核膜与核仁之间形成圈围。包囊呈不规则的卵圆形,直径6~16μm(平均约10μm),但多变异。突出的特点是含有圆形或卵圆形边缘清晰的糖原泡,常把核推向一边。
核一般仅一个,核内染色质粒常聚集于核仁一侧呈新月状。碘染标本中,糖原泡呈现棕色团块,而在未染色或铁素木素染标本则为泡状空隙。特殊的糖原泡和核构造是鉴定本虫的主要依据。