结肠内阿米巴是人体肠道最常见的共栖原虫,不致病。滋养体直径10~50μm,略大于溶组织内阿米巴。胞质呈颗粒状,内外质不分明,活动迟缓。内质含大量细菌、酵母菌及淀粉粒等食物泡,但不含红细胞。具有鉴别意义的核,经铁素木素染色后可见核周染粒粗细不匀,排列不齐,核仁稍大,经常偏位。包囊球形,直径10~30μm或更大,明显大于溶组织内阿米巴包囊。胞核4~8个,成熟包囊偶有超过8个者。核亦能在未染色的活体中见到。
未成熟包囊常有较大的糖原泡。拟染色体常不清晰,似碎片状,两端尖细不整。生活史与流行情况与溶组织内阿米巴相似,成熟包囊经口感染宿主,除人外,鼠、猪、犬等动物肠内亦发现有寄生。呈世界性分布,在我国与溶组织内阿米巴平行分布,感染率高于后者。发现结肠内阿米巴时有必要继续寻找痢疾阿米巴。