HIV复制是一特殊而复杂的过程,当HIV利用gp120和gp41与宿主细胞膜有效融合,核衣壳进入细胞质内脱壳,释放其核心RNA进行复制。病毒的反转录酶以病毒RNA为模板,以宿主细胞的tRNA为引物,经病毒反转录作用产生互补股。DNA,构成DNA:RNA中间体。中间体的RNA被RNaseH水解去除,在由负股DNA复制正股DNA而组成d-DNA.此时基因组的两端形成LTR序列,并由胞质移行到胞核内,在病毒整合酶的作用下,病毒基因组整合于细胞染色体中形成前病毒。前病毒以非活化方式可长期潜伏于宿主细胞内,随细胞分裂而进入子代细胞。在一定条件下,当相关因素刺激前病毒活化而进行自身转录时,LTR有启动和增强转录的作用。
在宿主细胞的RNA多聚酶II作用下,病毒DNA转录成RNA,其中有些RNA经拼接形成m-RNA,在细胞核糖体上转译成子代病毒的结构蛋白和调节蛋白;另一些RNA经加帽加尾则可作为子代病毒基因组RNA,并与结构蛋白装配成核衣壳,成熟并通过细胞膜时获得包膜,组成完整的有感染性的子代病毒,以出芽方式至细胞外。